首先，字数要求不同。本科毕业论文一般要求最少8000字，而研究生论文一般要求最少30000字，相对而言研究生毕业论文需要写的内容更多。
其次，论文的检测数据库不同。本科的毕业论文大多使用的都是知网PMLC论文检测系统进行检测，而研究生的毕业论文用的则是VIP5.1论文检测系统进行检测。知网PMLC特有“大学生论文联合对比库”，数据库中收录的有一年前所有在知网PMLC查重系统进行检测的论文。知网VIP5.1独有“学术论文联合比对库”，数据库中收录的是一年前所有使用过知网VIP查重系统的论文。这两个数据库收录的数据都是不相同的。
还有就是研究生的毕业论文会在知网上进行披露，因此对于毕业论文的排版格式要求会更加严格。本科生的毕业论文在毕业以后对自己就没什么影响了，但是研究生毕业论文就不同了，教育部一般会在研究生毕业一年后，对研究生的毕业论文随机的进行一部分抽查，如果发现有问题的，就会被撤销掉研究生学历和学位，这对于研究生而言影响是非常重大的。
最后是研究问题的深度不同。
本科：学会本学科基础知识，学会学习，具有从事本专业工作的能力。论文倾向于产业实践或者说是培养产业人才，强调的是对于基础的掌握以及实践能力的培养，毕业设计主要参考文献要求10篇以上，其中外文文献2篇以上。
硕士：学会本学科学术体系，学会研究，具有从事本学科的科学研究工作的能力。论文主要是研究倾向的，要求对于当前的趋势和情况有比较深刻的了解，参考文献一般应不少于40篇，其中外文文献一般不少于20篇。
有人由此衍生出本科生、硕士生、博士生、博士后之区别的“兔子理论”，兹附送如下：
本科生：学习捡“死”兔子。本科及以前所学知识都是别人已经发现、并经过了反复验证的知识，是固定、稳定的，属于“死兔子”。此阶段的学习训练只是学会找到一条比较便捷的路径把已经死在那里的“兔子”拿回来。
硕士生：学习打一只在视野中奔跑的活兔子。这只兔子在哪里?需要导师指给你，或者需要导师和学生一起来确定其位置。导师在“指兔子”的同时还应该告诉学生瞄准并射死兔子的本领。硕士生需要遵从自导师处学来的方法和技术，去把这只尚在活动中的兔子打死，然后再通过以往已经具备的方法把兔子擒在手中。
